税理士試験でも税法の理論あたりでは、ペンの選択は、意味を持つかもしれませんが、簿記論では、要は何でもいいのではないかと思います。
実際の試験は、黒又は青のペン（修正液等はダメ）なので、普段から鉛筆ではなく、ペンを使う習慣は身につけたいところです。
ただ、問題集に直書きでは、二度解きができないので、微妙な話ではありますが。
独学の方は、時々、時間をはかって「ペン」で問題を解くようにした方がよいでしょう。
私は、税法も４色ボールペンで全てをこなしていました（少数派）。
というか単になんじゃかじゃと持ち歩くのが面倒だったのですが。
いま、急に思い出しましたが、そういえば青で書いていました。
問題を解く際に、マークをするのも青で、答えを書くのも青でした。
普段のテキスト等には赤でマークをして、間違い箇所（ノートは残念ながらつけていませんでした）を緑でマークしたり、記入していました。
余った黒を日常で使っていました（なんと合理的…………、か？）。
僕は試験及び受講用にはPILOTのペンを使っています。指が疲れにくいのと、試験に向けて慣れるという意味もあります。
普段は4色ペンですが、まぁ、これは仕事用ですね。
簿記論以外だと結構文字を書くので、それなりに選んだ方がいいかもしれませんね。
私も今も４色ボールペン（しかも１００円の）を愛用しています（安上がり）。